SOFTWARE BIOINFORMATIKA GRATIS TERBAIK UNTUK WINDOWS
Berikut ini merupakan daftar aplikasi bioinformatika gratis terbaik buat Windows. Dengan memakai software ini, Anda bisa melihat dan menganalisis data biologis misalnya rangkaian DNA, RNA, dll. Data biologis yang Anda analisis asal menurut aneka macam spesies seperti aptMan, Bos taurus, Gorilla, dll. Untuk menganalisis genom tertentu, Anda perlu memakai database yang didukung atau berikan arsip urutan. File urutan dapat berupa aneka macam jenis seperti .mga, .txt, .pir, dll.
Anda dapat dengan gampang melihat urutan yang terdapat dalam arsip masukan pada antarmuka software ini buat tahu serta menganalisis urutannya secara kentara pada hal fungsi, struktur, evolusi , dll. Kebanyakan software menggunakan kode warna buat menandai urutan yang terdiri berdasarkan elemen yg sama. Selain itu, terdapat poly tool pengamat dan penganalisa lain yang dapat Anda pakai termasuk zoom in / out, tampilan struktur 3D, diagram Pohon, dll.
Jika Anda memiliki pengetahuan yang cukup tentang urutan genetik, Anda juga bisa mengedit urutan menggunakan gampang memakai aplikasi bioinformatika ini. Dalam pengeditan urutan, Anda dapat mengubah karakter urutan, membarui kode warna urutan, menambahkan anotasi, dll. Setelah modifikasi, Anda juga bisa menentukan buat menyimpan versi modifikasi urutan dalam format file TXT, XLX, GB, dll.
Berikut software bioinformatika gratis terbaik buat Windows:
MEGA
MEGA adalah perangkat lunak bioinformatika gratis serta mudah dipakai buat Windows. Software ini terutama dipakai buat menganalisa data urutan protein serta DNA berdasarkan spesies dan populasi. Selain itu, Anda jua dapat melakukan berbagai jenis analisis urutan misalnya Interferensi Phylogeny, Model Selection, Dating and Clocks, Penyelarasan Urutan, dll. Plus, aneka macam metode Statistik krusial (metode jarak, metode kemungkinan maksimum, dll.) Dan Powerful visual tools buat penjelajah data jua tersedia. Semua tool dan fitur yang mengesankan ini memungkinkan Anda menganalisis rangkaian masukan DNA dan Protein secara menyeluruh.
Dalam aplikasi gratis ini, Anda dapat memasukkan urutan DNA serta Protein sebagai arsip teks (.txt) atau sebagai file MEGA (.mga). Setelah mengirimkan file, Anda bisa melihat dan menganalisis data dengan memakai banyak sekali pilihan menu yang tersedia. Mari kita lihat sekilas bagaimana cara kerja menu ini.
TA DATA: Menggunakan menu ini, Anda dapat melihat urutan input pada bentuk simbol misalnya T, L, Q, R, dll. Setiap simbol mempunyai arti spesifik serta buat menyorot jenis simbol tertentu, Anda bisa memakai tool seperti C (menandai situs conserved), V (menandai situs variabel), dll.
Models: Ini adalah menu yg sangat penting pada mana Anda bisa menemukan model DNA / protein terbaik, mengestimasi matriks substitusi, menghitung komposisi asam amino, menghitung indeks ketimpangan pola, dan poly lagi.
Distance: Digunakan buat mengetahui urutan jarak berpasangan, jeda rata-rata holistik, dll.
Phylogeny: Meskipun tab ini, Anda dapat mengonversi urutan masukan ke pohon kemungkinan maksimum, pohon penggabung tetangga, pohon evolusi minimum, dll.
User Tree: Ini dipakai buat menganalisis data input menggunakan banyak sekali jenis User Tree seperti Least Squares serta Parsimony.
Terlepas berdasarkan fitur-fitur krusial ini, Anda dapat menemukan beberapa menu tambahan lain untuk merampungkan berbagai tugas. Grafik serta laporan yang didapatkan yg disediakan oleh perangkat lunak ini dapat disimpan sebagai format arsip Newick (.nwk).
Download MEGA menurut situs resminya.
UGENE
UGENE adalah aplikasi open source bioinformatika gratis buat Windows. Dalam perangkat lunak ini, Anda bisa membuat, mengedit, menganotasi, serta menganalisis urutan asam dan protein nukleat. Plus, software ini dilengkapi menggunakan dukungan bawaan buat aneka macam basis data misalnya NCBI, PDB, ENSEMBL, dll., Dalam aplikasi ini, Anda pula dapat menemukan poly tool analisis seperti analisis data Sanger, analisis data NGS, BLAST, penyelarasan urutan ganda, Kloning, tool HMMER, dll. Sebagian akbar tool analisis ini bekerja menggunakan rangkaian lokal maupun menggunakan basis data urutan yang bisa Anda unduh memakai URL.
Cara menganalisis urutan asam nukleat serta protein menggunakan software ini:
- Tambahkan file urutan (ACE, BAM, GFF, GTF, MMDB, SAM, Raw sequence, NEXUS, dll.) Dengan menggunakan menu File. Urutan hadir dalam file secara otomatis akan terbuka pada antarmuka utama.
- Dalam urutan yg tersedia, Anda dapat melihat bahwa aplikasi ini secara otomatis menarik simbol serupa dari spesies yg tidak sinkron pada rona yg sama. Skema warna ini sangat berguna buat mengidentifikasi simbol atau kode dari aneka macam spesies yang sama. Skema rona ini jua bisa diubah dengan mengubah jenis warna ke Clustal X, Helix Propensity, Strand Propensity, dll.
- Anda juga mampu menggunakan aneka macam tool yg tersedia seperti Zoom in / out, penyelarasan, statistik, dll. Untuk menganalisis urutannya.
Setelah analisis, Anda dapat mengekspor data urutan dalam format PNG, BMP, JPG, TIFF, serta SVG. UGENE merupakan aplikasi bioinformatika yang relatif cantik buat Windows menggunakan antarmuka yg sederhana.
Download UGENE menurut situs resminya.
Jalview
Jalview adalah perangkat lunak bioinformatika gratis lainnya buat Windows. Dengan memakai aplikasi ini, Anda bisa melihat serta mengedit perataan urutan, menganalisis urutan menggunakan principal component analysis (PCA) plot dengan phylogenetic trees, serta mengeksplorasi struktur molekul dan anotasi. Software ini pula dilengkapi menggunakan DNA bawaan, RNA, urutan protein, serta visualisasi struktur dan kemampuan analisis. Plus, beberapa tool yang berguna misalnya Jmol buat melihat struktur 3D, VARNA buat menampilkan struktur sekunder RNA, dll pula tersedia.
Dalam software ini, Anda bisa menambahkan urutan dengan langsung menulisnya, menggunakan menambahkan URL file urutan, atau menggunakan mengirimkan file urutan format yang didukung (PFAM, PIR, JSON, BLC, dll.). Segera setelah Anda memasukkan urutan, perangkat lunak ini secara otomatis akan membuka tampilan struktur pohon, tampilan struktur 3D, dan beberapa jendela pelurusan urutan untuk melihat, menyelaraskan, serta menganalisis urutan. Dalam perangkat lunak bioinformatika ini, Anda pula bisa memperhatikan bahwa setiap perubahan dalam penyejajaran berurutan secara langsung memengaruhi struktur 3D secara real time buat membantu Anda menganalisis urutannya dengan cepat.
Rekomendasi perangkat lunak gratis untuk anda:
Terlepas menurut tool analisis primer, Anda dapat menemukan poly tool berguna lainnya dalam aplikasi ini misalnya rona (buat mengubah pola warna urutan secara manual), Anotasi (buat menampilkan atau menyembunyikan berbagai penerangan urutan yg bermanfaat), Hitung (untuk menghitung perataan berpasangan, penghitungan otomatis mufakat, memperlihatkan wilayah mengapit, dll.), serta poly lagi.
Download JALVIEW menurut situs resminya.
Secara holistik, ketiga fitur aplikasi yg aku sebutkan diatas membantu anda menggunakan gampang menganalisis dan menilik banyak sekali sekuens bioinformatika menurut beberapa spesies dengan mudah.